一群人因为来历不明的花粉失去记忆……医院里，病人们被某个神秘人控制，变得极具攻击性……失去记忆的诸星团寄宿在市立中央病原护士村田恭子的家里……

宮西村突然出现大量黄金，使得村民为了争抢而大打出手。一个漂浮在空中的奇怪的眼球从村民身体里吸出些什么，村民们立刻就平静了下来。这时，诸星团来到了这里……

外星人恐怖分子拿著一種稱為「菠蘿蛋」的化學武器來到了東京，目的是在地球試驗這種武器的威力。超人警備隊今次的任務，是要在東京找出外星人的蹤跡，並把「菠蘿蛋」一併毀滅。隊員水野最近戀上了一個貌若天仙的女牙

地球防衛軍的總指揮古橋參謀往宇宙進行友好計劃，在太空船內離奇被殺，而其他工作人員亦不幸遇害，外界對於這宗事件諸多揣測……

在幾百萬年前，地球原本是外星人的故鄉，人類殘暴的祖先在地球進行殺戳把這地方鵲巢鳩佔。而世代以來，所有統治者還一直把紀錄了這個秘密的「亞米加檔案」禁敝起來，不肯承認過錯。事實上，外星人直對地球虎視眈眈，

在東京出現了一些可以實現人類願望，甚至復製人類思想的神殿石柱。据說這些石柱，本來已一萬多年沉沒於海底，今次再現，原來又是外星人策動的計劃。他們把人類的思想複製到石柱去，然後再把思想轉為訊號，利用這些訊

在超人警備隊阿島隊員的故鄉，有市民目睹一條古老的村在剎那間出現，又在瞬間突然消失了……根据研究，有可能是外星人運用「得奇粒子」的能量，令時空產生變化，把已成歷史的老村莊重現眼前，產生時光倒流的現象……

超人警備隊的里美回到故鄉，無意中發現了一本描寫「大鐵人」秘密的書籍，多年前她爸爸為了出版這本書被外星人所殺，今天 里美再與寫這本書的叔叔重逢。

　　1999年一个名为巴勒莱亚的邪恶机械帝国于月球建立了基地并向地球上的人类宣战。多个国家的大城市都被巴勒莱亚的先头部队所炸毁而日本正是下一个目标。 但人类不会屈服于这种威胁，由国际空军（U.A）的小