在银座4丁目，旧日本军的特殊部队“透明人特攻队”的幸存者轧死的尸体和遗书一起被发现。从遗书的描写可以看出至少还有一个透明人的幸存者。不久之后，自称“透明人”的帮派集团的强盗事件接连发生。另一方面，

　　漁業飛行員月岡和小林在無人島上的石洞目擊哥斯拉和一隻背面長出長刺的怪獸正在打鬥。返回大阪後，二人立刻報告,對策本部立即被成立，並查那一隻長刺的怪獸叫「安基拉斯」，又是和哥斯拉一樣受氫彈試驗而蘇醒，